研发费用加计扣除与高新企业认定之间存在着这样的辩证关系：能加计扣除的企业不一定是高新技术企业，但高新技术企业必然有研发费加计扣除项目。

由于高新企业同时享受加计扣除的优惠，两者的归集口径容易就混淆了。高新技术企业的研发费用范围一般大于研发费加计扣除的范围。比如说折旧费，对于建筑物的折旧费不能加计扣除，而高新可以。

对于经营租赁费加计扣除只允许用于研发的仪器、设备租赁费，厂房不可以加计，而高新可以。高新研发费用包括装备调试费用，田间实施费，加计扣除不包括。高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括。

委托研发的，高新包括委托境内外研发，而加计扣除只能是委托境内机构或个人。其他相关费用高新规定不得超过研究开发总费用的20%，而加计扣除规定是不得超过10%。高新的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险，而研发费用加计扣除可以。

对研发人员的定义，高新研发费用只要是企业科技人员都可归集，加计扣除必须是直接从事研发活动的人员。不过，对科技人员，高新要求累计实际工作时间在183天以上，而加计扣除没有这个要求。

共有8个不同点。

主要差异

高新研发费用

研发费用加计扣除

其他相关费用

不超过研究开发总费用的20%。包括通讯费

不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。不包括通讯费。

委托研发

包括委托境内外研发

只允许委托境内机构或个人进行研发。

折旧费

用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费

不包括建筑物的折旧费

长期待摊费用

是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的。

不包括

部分研发活动

企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动。对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变。市场调查研究、效率调查或管理研究。作为工业（服务）流程环节或常规的质量控制、测试分%e