根据国家知识产权《专利审查指南》（以下简称《指南》）的规定，对专利局发出的审查意见通知书，如何对专利局发出的实质审查意见通知书进行答复。

具体而言，申请人的答复可以仅仅是意见陈述书，也可以进一步包括经修改的申请文件（替换页和／或补正书）。申请人在其答复中对审查意见通知书中的审查意见提出反对意见或者对申请文件进行修改时，应当在其意见陈述书中详细陈述其具体意见，或者对修改内容是否符合相关规定以及如何克服原申请文件存在的缺陷予以说明。例如当申请人在修改后的权利要求中引入新的技术特征以克服审查意见通知书中指出的该权利要求不具有创造性的缺陷时，应当在其意见陈述书中具体指出该技术特征可以从说明书的哪些部分得到，并说明修改后的权利要求具有创造性的理由。

申请人可以请求专利局延长指定的答复期限。但是，延长期限的请求应当在期限届满前提出。有关延长期限请求的处理依照《指南》“期限的延长”的规定。专利局收到申请人的答复之后即可以开始后续的审查程序，如果后续审查程序的通知书或者决定已经发出，对于此后在原答复期限内申请人再次提交的答复，审查员不予考虑。

此外，《指南》对答复的方式与答复的签署也作了说明。